全基因组测序可以为官员提供跟踪疾病爆发的有力武器

据一组研究人员称，全基因组测序技术可能为流行病学家和医护人员提供一种有力的武器，可以跟踪并可能控制严重疾病的爆发。

在一项研究中，研究人员发现，国际和国内来源的Shigella sonnei，是美国细菌性食源性疾病的第四大常见原因，来自相关的一组细菌，称为Lineage II。专家们最初提出，志贺氏菌的国际和国内菌株可能来自不同的来源，研究人员在最近的微生物基因组学杂志上发表了他们的研究结果。

“我们问过的其中一个问题，遗传上，是国内的志贺氏菌与国际上的那些不同，最后，答案是，不，它们并不明显 - ;似乎没有任何分层的基础关于遗传相关性，“宾夕法尼亚州立大学食品科学教授兼网络科学研究所助理爱德华达德利说，该研究所为宾夕法尼亚州立大学的研究人员提供了超级计算资源。

根据达德利的说法，因为志贺氏菌的不同菌株可能需要某些治疗，及时识别正确类型的志贺氏菌可以使公共卫生官员在向公众宣传和提醒医务人员提供最佳治疗方案方面起到关键作用。他还是大肠杆菌参考中心的主任，并与宾夕法尼亚州立大学哈克生命科学研究所有关。在爆发期间比较志贺氏样本还可以使卫生官员能够识别疾病的可能来源，并帮助他们监测其进展并警告可能处于爆发路径的官员。

在这项研究中，对于这种特殊种类的志贺氏菌，已知有五种不同的谱系，我们在这些生物的基因组中发现了特征，这些特征使我们能够非常迅速地说出这五种分离中的哪一种分离。这有助于卫生部门不仅展示他们如何使用全基因组技术进行研究，甚至可以使他们甚至可以用它来开发新的诊断工具。“

导致严重腹泻和胃部不适的志贺氏菌通常通过粪便。由于公共游泳池和游泳区域的受感染游泳者往往是志贺氏菌爆发的常见原因，因此运行这些设施的较快官员会被警告可能爆发，他们可以更快地采取预防措施并发出警告。

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