在对西尼罗河病毒的400多种不同基因组进行测序后，一位NAU科学家发现Coconino县的两份西尼罗河病毒报告来自两个不同的地方。一个人从凤凰城向北迁移。另一个更神秘。
首先是来自美国西部各地的样本，他们来到了进化生物学家Crystal Hepp的实验室，他与信息学，计算机和网络系统学院(SICCS)以及北亚利桑那大学的病原体和微生物研究所(PMI)合作。 。她与整个西方的十几个不同的公共卫生部门合作。他们发送了她们所在地区的西尼罗河(WNV)样本，她的团队对病毒基因组进行排序并分析数据以重建每个样本的家谱，这使她能够确定病毒在整个区域内的流动情况。
在这种情况下，Coconino县卫生部门在8月底向她发送了两个样本，一个在玛丽湖的蚊子和一个在柴郡地区的蚊子。Hepp对病毒株的基因组进行了测序，将其与从其他地区测序的病毒株进行了比较，结果发现这两种病毒株并非由病毒的局部传播引起，这意味着它们不会在鸟类和蚊子中传播。县。Cheshire菌株与马里科帕县流行的菌株密切相关，而玛丽湖菌株与她的团队在2018年从蒙大拿州测序的菌株密切相关，尽管玛丽湖菌株显示蒙大拿菌株的几种不同突变。
赫普说，这是出乎意料的。这对Coconino县来说也是一件好事。
我们通常认为最简单的答案是最可能的答案。如果这两个相隔10英里的菌株是由于相同的进口事件，那将是有意义的。从公共卫生的角度来看，发现这两种菌株来自两个不同的地方是个好消息。如果它们密切相关，那就意味着WNV可能在10英里的Coconino县的鸟类和蚊子中循环。我们希望这两个单独的介绍只是在他们被发现的非常本地化的地理位置骑自行车，而不是跨越10英里，并且他们只是淡出。“
Hepp的实验室是努力更好地了解西尼罗河病毒如何在美国西南部流行的领导者。她的公共卫生合作伙伴做出初步诊断，然后发送她的菌株以确定病毒是否起源。了解和绘制这些数据可以帮助政府更好地预测和准备西尼罗河在其所在地区的可能性。这些伙伴包括：
这项研究包括本科学生Daryn Erickson，Breezy Brock，Samuel Poidmore和Majesty Greer-Gipson，研究专家Jill Cocking，研究生Chase Ridenour，Krystal Sheridan和来自PMI测序核心的Heidie O'Neill以及Darrin Lemmer，Mike Valentine和翻译基因组学研究所的Dave Engelthaler。马里科帕县环境服务部，矢量控制部门
亚利桑那州卫生服务部
尤马县害虫消减区
科切拉谷地区矢量控制
西南蚊子消灭和控制区
犹他州卫生部
华盛顿州卫生部
蒙大拿州公共卫生与人类服务部
科科尼诺县卫生局
南内华达州卫生区
“我们对了解西南地区流行的菌株之间的连通性非常感兴趣，”赫普说。“这使我们能够确定，例如，马里科帕县的WNV情况是针对其他西南地区的。来自马里科帕县的WNV还流入犹他州华盛顿县，加利福尼亚州里弗赛德县和亚利桑那州尤马县，我们希望推进一个可以根据历史模式和环境数据告知各县风险的预测模型。“
自2010年以来，Coconino县没有报告过西尼罗河的人间病例。
西尼罗河是该州最常见的由蚊子传播的疾病，虽然其程度难以衡量，因为只有约20%的受感染者甚至意识到他们生病了。大多数经历过症状的人都感觉自己患有流感，但是大约150人中有一人患上了严重的疾病，如脑炎或脑膜炎，这可能是致命的。
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