导读 一种称为真菌特征跟踪器的新软件工具可以加快对真菌形态和生长的了解。Guillermo Vidal-Diez de Ulzurrun及其同事在台北中央研究院的Yen
一种称为“真菌特征跟踪器”的新软件工具可以加快对真菌形态和生长的了解。Guillermo Vidal-Diez de Ulzurrun及其同事在台北中央研究院的Yen-Ping Hsueh领导的实验室中介绍了PLOS计算生物学工具。
在估计的500万种真菌中，大多数会产生复杂的丝状结构网络，可用于长距离重新分配养分。这使生物能够在极端条件下生存，有时它们可能达到整个森林的规模。尽管丝状真菌的多样性和普遍性，但由于缺乏有效的定量技术，人们对其形态和生长动力学的了解却很少。
通过利用影像和信息学方面的最新进展，Vidal-Diez de Ulzurrun及其同事现在设计了一种新方法，可以使用基本设备捕获高质量的，具有细胞分辨率的活菌图像。他们还开发了一种新的软件工具Fungal Feature Tracker，以分析图像。
真菌特征跟踪器可以使用单个图像来量化真菌产生的孢子数量，计算其大小和形状，或者计算和测量复杂的真菌网络的所有分支。它还可以分析延时图像以跟踪真菌网络随时间的变化。简而言之，与传统的手动技术相比，它可以更快地收集定量数据。
Hsueh说：“真菌特征跟踪器是一种易于使用且功能强大的工具，它将增进我们对丝状真菌的生长和生物学的了解。”
接下来，Hsueh实验室计划开发其他基于图像的工具，这些工具将改进手动方法，并研究更多更复杂的生长场景和真菌功能。例如，他们希望通过时移分析的方法研究捕获线虫的真菌中陷阱的形成。通常，他们预计在图像分析领域研究丝状真菌的应用会迅速，广泛地应用。
标签： 真菌学
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